the matter虽为名词，但用法和意义如同形容词wrong。在以下句子中the matter是表语，而不是主语：

What‘s the matter? = What's wrong?

Is anything the matter? = Is anything wrong?

No, nothing is the matter. = No， nothing is wrong.

正因为 What's the matter?这个特殊问句是就主语提问，句子并没有倒装，而是正常语序，所以当what is the matter用作名词性从句时仍然保持正常语序。

而What‘s the difference?这个问句中，主语为the difference, what作表语，疑问词前置，所以句子要倒装，系词is移至主语之前。当这个问句用作宾语从句是就要改为正常语序，所以为what the difference is。

你的疑问来自于你对What’s the matter?这个问句的结构理解错误，误以为the matter是主语，句子是倒装语序。当你知道了the matter其实是表语，what才是主语，你就明白为什么无论在特殊疑问句还是名词性从句，语序都一样，都是正常语序。