We’re preparing for the yearly descent of thousands of visitors on the village for the pop festival.

句中的 on the village 没有问题。这里的 on 与前面的名词 descent 有关。

句中的…on the village 是指“来到这个村庄”，而不是“在这个村庄”。

句意：我们正为每年成千上万游客涌入村庄参加流行音乐节做准备。

类似的情况如：

the invaders’ descent on the town 入侵者对该城的攻击

the descent on the town by a motorcycle gang 一个飞车党突袭该镇

可以联想相关动词descend的相关用法：

An uneasy calm descended on the area. 一种令人不安的平静笼罩了该地区。

A large troop of soldiers descended on the village. 军队浩浩荡荡地涌进这个村庄。

Crowds of tourists descended on the tiny church. 一群群的游客突然来造访这座小教堂。